『真 流行り神３』では、前作と同じく捜査の方針によって
各話後半の展開が科学ルート/オカルトルートの2つに分岐する。
――事件を起こしたのは人間か？ それとも人知を超えた怪異なのか？
どちらの捜査スタンスをとっても、事件解決へのアプローチは可能。

しかし、事件の真相に迫るためには、
科学とオカルト、両方の視点から事件を見ることが必要となる。

実際の捜査シーンでは、主人公「北條 紗希」の視点で
相棒「愛染 刹那」とともに捜査にあたり、事件解明に必要な情報を集めていく。

さらに今作では、新たに「纐纈 将臣」と「新美 心太朗」のコンビが仲間に加わったことで、
選ばなかった選択肢について情報が得られるようになった。

選んだ選択肢は紗希と刹那が調査

選ばなかった選択肢は纐纈と新美が捜査

物語の要所では、自問自答をしてそれまでの出来事や
事実関係を整理していく「セルフクエスチョン」が発生。
セルフクエスチョンの結果は、物語の重要な分岐点となる場合もあります。

勇気が求められる場面や、重要な決断を下す時には「カリッジポイント」が必要となる。
ポイントがなくなると重要な時に決断できなくなるが、出し惜しみをするとかえって追い詰められることも。
計画的に行動する必要がある。

怪事件の関係者は、誰もが皆ありのままの真実を語るわけではない。
事実を黙秘したり、嘘をついたりする者から真実を引き出すには、
紗希の得意分野である心理学を活用した心理テクニック「ライアーズアート」を駆使し、
嘘を操って揺さぶりをかけることが必要な場面もある。
制限時間内に的確な言葉を投げかけることで、相手を揺さぶり、本音を暴く。

相手の感情の変化は、「ライアーズメーター」で表示される。「ライアーズアート」で動揺を誘う選択をすることでメーターは上昇し、本音を引き出しやすくなる。
メーターが低い状態で「ライアーズアート」が終了すると、状況が悪化してしまうが、
メーターが高い状態のまま「ライアーズアート」が終了できれば、
その後の展開で真相に近づきやすくなる。

推理ロジックは、キーワードをあてはめていくことで、
関係者の相関図を作成する機能。
キーワードは、捜査を進めていくことで獲得することができ、
相関図が正確であるほど、事件の真相により深く迫ることができる。

ゲームを進めていくと、各話本編のサブストーリー「隙間録」が開放されることがある。
「隙間録」は、主人公である紗希以外の視点で語られ、
――あの時、あの人は何をしていたのか？
――あの行動にはどんな思惑があったのか？
そんな、紗希の視点からは見えない真実が見えてくることもある。

ストーリー中に登場する一部の専門用語は、自動的に「F.O.A.F.データベース」へ登録される。
ストーリーには、多くの警察用語や都市伝説、神話・民話や凶悪事件などにまつわる知識が登場
するため、事件の解明に役立つだけでなく、読み応えも十分なデータベースとなっている。